به گزارش پتروچی؛ افت محسوس سودآوری در پالایشگاه اصفهان، عدم ارائه برنامه‌های شفاف توسعه‌ای، و ضعف در مدیریت منابع انسانی از مهم‌ترین نکات انتقادی به دوره مدیریتی وی است. در این مدت، کارکنان بارها از بی‌توجهی به مطالبات فنی و تخصصی گلایه کرده‌اند و انتصاب‌های بدون شایستگی در سطوح مدیریتی، فضای اعتماد را در شرکت به‌شدت آسیب زده است.
علاوه بر این، مشکلات ساختاری و سازمانی در پالایشگاه اصفهان، از جمله فرآیندهای پیچیده و ناکارآمد اداری، نبود سامانه‌های شفافیت در قراردادها و پروژه‌ها، و ابهامات مالی متعدد، همگی باعث شده‌اند که پیگیری دقیق این چالش‌ها به کاری سخت و تقریباً ناممکن تبدیل شود. این نوع مشکلات، نه تنها روند اصلاح را کند می‌کنند، بلکه بهانه‌ای برای عدم پاسخگویی دقیق مدیران شده‌اند.
گذشته مدیریتی باقری‌دیزج در پالایشگاه تبریز نیز پر از ابهام است؛ جایی که بازداشت چند مدیر منصوب و‌مورد حمایت او به اتهام اختلاس و سوء استفاده مالی رخ داد و نشان داد که وی نه تنها نظارت کافی نداشته بلکه فضای مدیریتی او احتمالاً زمینه‌ساز فساد بوده است.
با این سابقه، وزارت نفت باید در انتخاب مدیران خود دقت و حساسیت بیشتری به خرج دهد و پیش از صدور حکم، سوابق و عملکرد مدیریتی آنان را به صورت کامل بررسی و شفاف‌سازی کند. ادامه حضور چنین مدیری در رأس یکی از مهم‌ترین پالایشگاه‌های کشور، ریسک بزرگی برای صنعت نفت و اقتصاد ملی به شمار می‌آید.